A szigetközi vízi és szárazföldi élőlénycsoportok vizsgálatát 1991-92-ben kezdte el a múzeum. Az intézmény 2009-ig a zoológiai és a hidrobotanikai monitorozásra kapott megbízást. A vizsgálatok a szárazföldi faunára (talajlakó fonálférgek, puhatestűek, ikerszelvényesek, atkák, szárazföldi ászkarákok, ugróvillások, egyenesszárnyúak, bogarak, lepkék, madarak), és a vízi, ill. a vízhez kötött szervezetekre (kovaalgák, mohák, puhatestűek, rákok, kérészek, szitakötők, tegzesek, halak, kétéltűek) terjedtek ki. Az adatokat leggyakrabban a jelenlét/hiány ill. abszolút és relatív karakterisztikák (egyedszám, populációméret stb.) alapján dolgoztuk fel. A biomonitoring vizsgálatok elsősorban arra a kérdésre keresték a választ, hogy milyen sebességgel, hol és milyen módon változott meg az élővilág a vízviszonyoknak az elmúlt 26 évben végbement átalakulása során. Ennek tükrében a monitorozás önmagában csak nagyon áttételesen szolgáltat információkat arra vonatkozóan, vajon hogyan kellene az élővilág kívánt állapotát visszaállítani, milyen változatok képzelhetők el.
A mohák életforma-spektrumok alapján történő hosszú távú megfigyelése kimutatta, hogy a hullámtéri vizsgált ágak többségében a kolonista fajok magas aránya a közösségen belül összefüggésben van az ágpartok morfológiai változásával, azok leomlásával.
A hazai puhatestű fajok mintegy fele folyamatosan kimutatható a Szigetközből. Ezt a fajgazdag faunát azonban széttagolt, egymástól elszigetelt sérülékeny élőhelyek őrzik. A puhatestűinek értékét nem feltétlenül csak a ritka fajok adják, hanem az itt nagy egyedszámban élő, jellegzetes fajok, amelyek hozzájárulnak ahhoz a sajátos ökológiai egyensúlyhoz, ami a mozaikos élőhelyek jellemzője.
A Duna ártere és a mentett oldal talajatka (Oribatida) faunája erősen különbözik. A védett erdőkben az oribatidáknak különleges fajaik élnek, egyes fajok jelenlétüket a Dunának köszönhetik, jelenlétük a folyam szállító hatásával magyarázható. A szigetközi monitoring-vizsgálatok során több helyen (Püski melletti Salamon-erdő, Hédervári-erdő, Mosonmagyaróvár közelében található erdők) kozmopolita vagy euryök fajok jelentek meg.
A Duna szigetközi árterében rendkívül fajgazdag rákfauna jött létre. A Duna elterelése után a hidrológiai viszonyok azonban megváltoztak. A rendszeres gyűjtések során Magyarország faunájára új (pl. Daphnia parvula, Pleuroxus aduncus, Rhynchotalona falcata) és ritkának tartott fajokat (Cyclops insignis, Bunops serricaudata, Monospilus dispar) is sikerült kimutatni. Az ágascsápú rákok (Cladocera) fajszám trendje az egyes élőhelytípusok között eltérő volt, az elméleti faunakészlet több mint 70 százalékát sikerült megfogni. Az evezőlábú rákok (Copepoda) fajszám évenként jelentős ingadozást mutatott.
A monitorozás időszaka alatt 52 szitakötő (Odonata) fajt sikerült kimutatni. A Duna elterelésének következtében 2 faj tűnt el a Szigetközből: a Coenagrion ornatum és az Aeshna viridis. A vízpótlás érdekében biztosított többletvíz a terület jellegzetes, lassan áramló, sodrásmentes részekben bővelkedő, dús növényzetű vizeit helyenként drasztikusan átalakította. Az állóvizekre jellemző gazdag fauna értékes elemeinek a száma kisebb lett. A folyóvízi, illetve tág tűrésű fajok száma és egyedszáma is megnövekedett.
Az elterelés által érintett víztestek kérész, vízifátyolka és szivacsfátyolka együttesei jelentősen megváltoztak, de változásokat regisztráltunk a hullámtéri területek szárazföldi recésszárnyúinál is: bokorfüzesek tipikus fajai tűntek el, és száraz élőhelyet kedvelők jelentek meg.
A Szigetköz területét érintő környezeti állapotváltozás az egyenesszárnyú-együttesek szerkezetében a nedvesség-kedvelő fajok eltűnését és a mezofil fajok dominanciájának növekedését eredményezte.
Az elterelés következtében szárazzá váló mederszakaszokon átmenetileg különleges, szárazságkedvelő-szárazságtűrő bogárfauna alakult ki. A keményfaligetek bogárfaunájában az elterelés nem okozott számottevő változásokat. A bogárfauna összetétele a hullámtéri puhafaligetekben a vízellátottság függvényében változott.
A tegzes faunát vizsgálata során három faj (Hydropsyche exocellata, Cyrnus flavidus és Ceraclea nigronervosa) újnak bizonyult a magyarországi faunára. A Duna elterelése után számos faj dominanciaértéke jelentősen megváltozott, további fajok jelentek meg. A víztestek ökológiája változatosabb lett, a tegzes fauna és közösségeik gazdagabbá, változatosabbá váltak.
A szigetköz nádas-bokorfüzes állományaiban a lepkefauna jelentős átalakulása mutatható ki, amely egyrészt fajszám növekedéssel járt, ugyanakkor a nádasra jellemző fauna részvételi arányának csökkenését mutatta. A faunakép összességében egy mezofil rét és egy szegélyező ligeterdő viszonylag szegényes faunájának jellegzetességeit viseli, néhány kifejezetten nedvességkedvelő, erősen specializált faj jelenléte mellett.
A Duna érintett szakaszáról előkerült vízi makroszkópikus gerinctelen közösség, a magasabbrendű rákok (Malacostraca) és a vízi puhatestűek (Mollusca) dominanciájával jellemezhető, kifejezetten fajgazdag, változatos faunaképet mutat. A vizsgált mellékágak esetében a legnagyobb egyedsűrűség értékekkel a Mosoni-Duna vizsgált szelvénye jellemezhető. A fajszám tekintetében a felmért szelvények között nincs lényeges különbség.
A Szigetköz halfaunáját (68 faj) tekintve az elterelés hatására több olyan ritka és európai veszélyeztetettségű faj tűnt el a Szigetközből, melyek az elterelést megelőzően megtalálták életfeltételeiket az itt lévő vízterekben. A legkomolyabb sérüléseket a lápi póc és a botos kölönte állománya szenvedte el.
A Szigetköz ártérében jelenleg 11 kétéltűfaj szaporodása bizonyított a monitoring-kutatások során. A hullámtér vizsgált mintaterületeinek időszakos vizei a barna varangy, a vöröshasú unka, a zöld levelibéka, a kis tavibéka és a kecskebéka számára nyújtottak kedvező feltételeket a szaporodáshoz.
A monitorozás időszakában a madárfauna fészkelő fajai (134 faj) közül kiemelendő a fekete gólya, a kendermagos réce, a kis lile, a billegetőcankó, a kerti geze, az erdei szürkebegy és a kormosfejű cinege. A Szigetköz jelentős szerepet tölt be Európa rétisas populációjának telelésében, valamint számos vízimadár fajnak nyújt téli táplálkozó és pihenő helyet. Ilyenek többek között a vetési lúd, a kontyos réce, a kerceréce, a nagy bukó és a kis bukó. A Duna elterelése lényeges, időszakos változásokat hozott a madárfauna szerkezetében mind a talajon fészkelő parti madarak és énekes madarak, mind az erdei arborophil fajok vonatkozásában. Az elterelést követő első tavaszon olyan „tájidegen” fajok telepedtek meg 1–3 éves időszakra a meder szárazzá vált fövenyén, mint a mezei pacsirta, a búbos pacsirta és a parlagi pityer, a kefesűrűségű fiatal füzesben pedig a nádirigó.
A 2018-ban az újrainduló monitorozás keretében egyrészt építve a korábbi tapasztalatok és a magyar-szlovák kormányközi megállapodás kereteire a következő növény- és állatcsoportok kutatásával foglalkozik az intézmény: mohák, kisrákok, puhatestűek, vízi makró-gerinctelenek, halak, északi pocok.
1.ábra A Lathonura rectirostris, a Szigetközben is ritka volt, a Lipóti-Holt-Dunából került elő (fotó: Dr. Gubányi András).
2.ábra A szubendemikus Dunai vakcsiga (Bythiospeum oshanovae) üvegesen csillogó, áttetsző, színtelen héja.
3.ábra A Hypochthonius rufulus az osztott hátpajzsú primitív oribatidák közé tartozik, erdőkben él, elhalt állatokkal, pl. csigákkal táplálkozik.
4.ábra Skarlátbogár (Cucujus cinnaberinus). Elhalt fákhoz kötődik: lárvája a nedves kéreg alatt fejlődik, imágója száraz kéreg alatt telel. Legtöbbször természetes vagy ültetett nyárasokban található.
5.ábra Hagymazöld sáska (Mecostethus parapleurus) hímje. Nedves területek (vizek partjain, tocsogós mezőkön) egyik jellegzetes faja. Szemétől hátrafelé a nyakpajzson fekete sáv húzódik.