A Szigetköz vízközeli növénytársulásainak jellegét a jó vízellátottság és az időnkénti elárasztások során a területre került propagulumok (magok, termések, életképes hajtásdarabok) által magasan tartott fajszám alakította ki. A Magyarország területén ritka növényfajok közül kevés van, a növényzet fő jellegzetessége a fajkompozíció gazdagsága: hegyi és síkvidéki fajok egymás tőszomszédságában fordulhatnak elő. A folyamszabályozások kanyargós mellékágrendszereket sok helyen megszüntették, ezek az élőhelyek és élőviláguk egyaránt ritkává vált. Az elterelés előtt a Szigetközben 1013 hajtásos növényfaj előfordulása volt ismert. Ez jelentős természeti értéknek tekinthető, mivel ez a fajszám a teljes magyar flóra mintegy 46%-a. A tanszék 1986-ban kapcsolódott be a Szigetköz vizsgálatába. Feladatot a természetes vagy természetközeli élőhelyek vizsgálata jelentette. Ehhez 25x25 méteres négyzet alakú mintaterületeket jelöltünk ki, erdős és gyepterületeken egyaránt. Ezek nagy része olyan területre esett, melyeken a modellszámítások alapján talajvízszint csökkenés várható. Kontrollterületeket is vizsgáltunk a Szigetköz belső, mentett oldali területein. Mivel az eredeti tervekben egy alsó, Nagymarosnál létesülő tározó is szerepelt, ezért a Dunakanyar környékén is voltak mintaterületeink, melyeknek vizsgálata néhány éves megszakítással egészen az ott létesülő alsó tározó tervének végleges elvetéséig tartott. A mintaterületeken minden évben felvételeztük az előforduló hajtásos növényfajokat. Mennyiségi adatként a monitoring kezdetekor a Soó-skálát alkalmaztuk, majd 2004-ben áttértünk a részletesebb leírást lehetővé tevő százalékos borítás-értékek megadására.
A mintaterületeken kívül figyeltük a Szigetköz más területein lezajló növényzeti változásokat is. A talajvízszint csökkenése a nedvességigényes fajok visszaszorulásával járt. A felszín alatt sok helyen kis mélységben már kavics aljzat található. Az ilyen helyeken csapadékos, hűvösebb nyarakon a növényzet elegendő mennyiségű vízhez jut, de az utóbbi időben gyakori forró, aszályos időjárás esetén a növényeket erős szárazságstressz éri. Az árterületeken jelentős az özönfajok térnyerése. Nagy mennyiségben terjedt el a lándzsás őszirózsa (Aster lanceolatus), a bíbor nebáncsvirág (Impatiens glandulifera), a kisvirágú nebáncsvirág (Impatiens parviflora), a magas aranyvessző (Solidago gigantea). Fatermetű özönfajok a zöld juhar (Acer negundo) és a bálványfa (Ailanthus altissima). A Duna elterelése után a szárazabbá vált területeken keményfa ültetvényeket is létesítettek. Az alkalmazott fafajok közül a keskenylevelű ezüstfa (Elaeagnus angustifolia) termésérlelő korba kerülve veszélyes lehet, mert terméseit a madarak szívesen fogyasztják és terjesztik. Vannak olyan fajok is, melyeknek látványos terjedése a 2000-es években kezdődött. Ilyen a süntök (Echinocystis lobata) és a nyáriorgona (Buddleja davidii). Nádas állományok álló- vagy lassú folyású vizek parti részein fordulnak elő a Mosoni-Duna mentén, az Öreg-Duna mellékágaiban, valamit a lefűződött morotvákban találhatók. 1993 és 2004 között nádas állományokban végeztünk nádsűrűség és nádmagasság vizsgálatokat. Az elterelés után a főmederben a közepes vízszint mintegy 3 méterrel csökkent. A szárazfölddé vált Duna-meder 1994-ben kezdtük el Dunaremeténél. A kavicsfelszínen egy 50 m hosszú sávot jelöltünk ki a jelenlegi vízparttól merőlegesen az eredeti part irányába. A sáv 25 db 2x2 m-es, egymással érintkező négyzetből áll. A vizsgálat kezdetén az alsó részen az aljzatban a durva kavics az uralkodó, majd följebb haladva az eredeti part felé a kavicsok közé lerakódott finom homok és iszap a jellemző.
A négyzetekben évente júliusban megbecsültük a növényfajok százalékos borítását. Az Öreg-Duna medrében a szárazföldi növények igen gyorsan megtelepedtek. Az első években a szokásos vízparti zátonynövény fajok telepedtek meg tömegesen. Később a vízparton kialakult egy 30 méter széles fehér füzes sáv. Ettől a régi part felé egy vízigényes magaskórós öv alakult ki, mely átvészeli az időnkénti elárasztást. A régi part mentén az egykori mederben 10 év alatt zöld juharból álló fás állomány alakult ki.